Mám zkušenost jen s malými FPGA projekty, ale pro Alteru, Xilinx i Lattice vývojová prostředí od výrobce pro Linux jsou běžně k dispozici. Myslím ta třídy Quartus nebo ICE Cube apod. Ta více profi neznám.. Pokud je tu někdo, kdo má více zkušeností, rád se něco dozvím.