Xilinx ISE dříve na Linuxu fungoval pouze v placené verzi, alespoň co vím. Dneska mají Vivado, které funguje všude, akorát bez licence je limitované velikostí cílového designu. I modelsim jede (min.) v plné verzi na Linuxu. Intel/Altera Quartus je na tom podobně jako Xilinx.