Ano, většina moderních Linux distribucí (ale i jiných os) používá standardně kódování utf-8, má to mnoho výhod. cp1250, alias win1250 je úmyslně Microsoftem zpotvořený standard iso-8859-2. MikeTex ho používá, protože to je výchozí kódování pro češtinu a slovenštinu pod Windows.