Moment, komunikace Windows <-> Linux jde nastavit tak, aby šlapala bez problémů. Jediný problém je v tom, že windowsový konec tunelu se vynořuje až za případným firewallem nebo NAT, takže se tyto technologie nedají ve spojení s IPSec pod Windows použít (pokud někdo ví, jak by to přece jen šlo, nechť se ozve, zajímá mě to). Čili pokud nepotřebujete překládat adresy nebo filtrovat pakety (což u většiny sítí potřeba není, pokud propojujete pobočky, obvykle si vystačíte s normálním routováním), je možné to dostupnými prostředky zajistit.
Jak je to s Ciscem nevím...