Rejstřík neřadí ani LyX, ani LaTeX, ale externí program makeindex, případně nověji texindy. V Linuxu používám makeindex s volbou -L (aby použil locale) a řadí správně. LyX nepoužívám, ale předpokládám, že se někde v něm budou konfigurovat volby, se kterými volá makeindex, a do nich je třeba přidat -L.