Přesně to samé jsem chtěl napsat také. Nautilus 3.6 mi ještě nespadl NIKDY a to jej používám někdy od prosince. Stejně tak nepozoruju většinu zmíněných problémů.
Autor má tedy rozbité něco přímo u sebe nebo to taky může být špatnou integrací GNOME do Ubuntu. Vzhledem k tomu, jaké ohromné množství vlastních patchů mají v GTK a jednotlivých komponentách GNOME, je jednoduše možné, že se to chová jinak.