Třeba iOS App Store není kompatibilní s aplikacemi šířenými pod GPLv2 licencí, viz třeba VLC. Konfliktů s obchodními podmínkami App Store bude asi víc.
Filosofie FOSS nemá nic společného s komerční podporou projektů ale s možností si kód libovolně upravit a použít ho jakkoliv chci. To opět na iOS nefunguje, protože k tomu potřebuji počítač od Applu a vývojářský účet.