Názor k článku Unity 5.0: zásadní vylepšení nebo jen další zklamání? od Kamil Pošvic - Unity standardně skrývá "nepovolené" aplikace v traylistu. Musíte...

Unity standardně skrývá "nepovolené" aplikace v traylistu. Musíte si je povolit příkazem:
gsettings set com.canonical­.Unity.Panel systray-whitelist "['all']".
Pak už bude vidět Skype stále.

Co se týče horního panelu, zkusil bych postupovat podle tohoto návodu?
http://www.tuxgarage.com/2011/04/missing-top-and-side-panels-in-unity.html

A s Mono aplikacemi bohužel nemám zkušenosti. Snad pomůže někdo jiný.