Tak pathogen je prave skvely v tom, ze je jednoduchy, a prave proto ho pouzivam.
Nic mi nebrani mit cely .vim/ v gitu a .vim/bundle/* jako gitove submoduly, takze pri trackovani pluginu a eventuelne jejich ohybani/opravovani mam plnou silu gitu.
Doslo to tak daleko, ze naopak svoje upravy konfigurace vimu pisu jako .vim/bundle/neco/..., takze jsou krasne oddelene a mam moznost z nich snadno udelat plnohodnotny plugin a dat ho na github.