Zatímco pathogen načítá pluginy, které jsou uloženy v adresáři bundle (a seznam je v .gitmodules), vim-plug (i vundle) načítá pluginy, které jsou specifikovány v konfiguraci (a uloženy např. v adresáři bundle). To je hlavní rozdíl.
Osobně preferuji tento explicitní způsob jako má vim-plug před (z hlediska vimu) "magickým" jako má pathogen.
Samozřejmě - pathogen byl přelom ve správě pluginů, vim-plug/vundle jsou již "jen" drobnými vylepšeními.