No, trvalo mi než jsem pochopil co myslíš :D
Musíš tu rozlišovat, existuje tu software center a správce aktualizací. Potom tu je apt-get. Pokud uděláš apt-get update = spuštění spráce aktualizací + kliknutí na zkontrolovat.
Taktéž, pokud chceš upradovat tak napíšeš buď apt-get upgrade a nebo opět spustíš správce aktualizací a dáš "upgradovat software".
Tedy, buď používej apt-get a nebo jenom gui tools, obojí míchat není moc dobrý nápad.