To, že se uživatel / začínající vývojář (pokud dobře rozumím původnímu dotazu) naučí pracovat s relační databází - tj. s něco pak použije u kterékoliv jiné relační databáze.
V případě MySQL se naučí pracovat s MySQL.
Já bych, při vědomí toho že na něco se jistě MySQL výborně hodí, doporučil to prvé, protože to otevírá daleko širší obzory - a nezavírá cestu ani k MySQL, když bude potřeba...