Nenachytám Vás na hruškách, máte pravdu. Ono je to tak, že vlastně MySQL se teď dost přebudovává.
Ve verzi 4.x je InnoDb bráno jako směr, který chce MySQL preferovat. Ve verzi 4.1 MySQL rozšiřuje nativní rozhraní pro klientské aplikace, aby bylo vůbec možné pojmout nové features plánované pro další verze. Navíc MyISAM nemá ve svých datových strukturách místo, aby třeba informaci o cizím klíči byť třeba jen uložilo, natož používalo. Proto bude přidání klíčů do MyISAM nutně předcházet rozšíření jejich datových struktur.
MyISAM se implicitně preferuje proto, že se zaručuje přenositelnost souborů s tabulkami MyISAM. To jest, můžete klidně zkopírovat databázové soubory třeba pod Linuxem a okamžitě jen bez nějakých exportů/importů používat třeba pod Novellem, nebo Windows, či jinde. Navíc MyISAM nepotřebuje žádné nastavení, stačí mu jen ukázat adresář, kde tvořit soubory.
Je jasné, že chcete-li vytvořit InnoDb tabulku musíte to uvést v "CREATE TABLE". A nebo převést existující tabulku na jiný typ pomocí "ALTER TABLE nazev_tabulky TYPE=InnoDB". To znamená, že i když nemáte přístup k embedded kódu, lze změnit typ tabulky dodatečně. Nevím o tom, že by se dalo nějak defaultně nastavit, jaký typ tabulky má tvořit.