Jste si jistý tím, že nginx načte privátní klíče při startu a pak zahodí oprávnění roota? Když nginxu řeknete, že má přenačíst konfiguraci, přenačte i klíče. Takže buď celou dobu běží alespoň jeden proces pořád s právy roota, a nebo to nefunguje tak, jak píšete, a nginx potřebuje přístup ke klíčům celou dobu běhu.