Přihlašovaní k počítači lze nastavit přes PAM modul pam_yubico nebo pam_u2f. Taky lze tak udělat třeba autentizaci na sudo.
Vyčerpávající seznam možností, co s Yubikey udělat, asi pohromadě nikde není. Dobrý rozcestník sem dal diskutující nade mnou. Yubico uvádí navíc možnosti pro business nasazení nebo vývojáře. Na tom developer portálu se nachází asi nejvíc návodů, ale to je spíš pro lidi, co se snaží Yubikey přiohnout svým potřebám.
Pro KeePass mají rovnou návod na Yubico stránkách.
Lze taky najít plugin CryptoKi, který funguje na jiném principu než OtpProvider výše, ale nevím v jakém stadiu podporovanosti se tento plugin nachází.