GUI znamená graphical user interface. Je tedy určené pro uživatele, ne skripty a automatizaci!
Dobrý program (resp. dobrý program, u kterého je to potřeba) má vedle GUI i jinou možnost vstupů - třeba dávkové zpracování XML souboru, Webové služby, DCOP, ...
Třeba takový webový formulář mohu vyplnit ručně v prohlížeči, nebo ho vyplnit dávkově pomocí programu wget.