O konceptu aplikace nediskutujete ve chvíli, kdy je napsaná.
V kompletním instalačním balíčku Wine nevidím problém. Dnes se běžně
prodávají disky o velikosti v řádu TB, tak kde je problém s nějakými
pár desítkami MB balíčku Wine?
Já na níže uvedené stránce vidím Provozní řád ISDS a specifikaci
interface pro třetí strany. Jde o standardní web services, včetně
přiložených wsdl souborů. Dvojklik, otevře se Visual Studio, a můžete
řádit ;). Klidně můžete napsat open source klienta, jestli chcete. Když ho
napíšete i pro Windows, rád se na něj podívám.
http://www.datoveschranky.info/dokumenty/