Naprostou většinu virů lze odstranit bez poškození systému. A pokud je virus zvláště zákeřný, tak si nenechávejte nastavení. Není totiž problém, aby v uživatelském nastavení byl například na nějakou klávesovou zkratku nastavený skript, který znovu stáhne malware. Podobných scénářů, kde kopie home folderu z nakaženého počítače může způsobit problémy, najdete jistě sám více.
Windows samozřejmě umí převzít nastavení z předchozí instalace. Seznamte se s možností exportu/importu Registry, s migračním wazardem atp.