fsync - synchronize a file’s in-core state with storage device
a file = jednoho souboru. Nevím o tom, že by to někdy dělal pro víc souborů (snad kromě sparse files, ale ty opravdu nejsou velké). Jediný možný problém je v tom, že fsync neflushne drive cache, tam je opravdu nutné flushnout všechno a zavolat sync.
Pořád se může stát, že smáznete starý konfigurák, ale už nestačíte přejmenovat ten dočasný na nový.
Houby, funkce rename je atomická.