Nejsem si jistý, jestli to jednoduše rozsoudit. Flatpak je lepší pro desktopové aplikace a v aktuálním stavu IMHO dost výrazně. Naopak zase nepokrývá jiné oblasti použití. Snapy se docela chytly v IoT, kde si je lidi pochvalují. Je možné, že se dlouhodobě chytnou oba formáty. Každý v jiné oblasti.
Nicméně snapy budou muset ujít ještě kus cesty, aby to byl skutečně distribučně nezávislý formát. Veškerý tooling pro vytváření snapů je velmi Ubuntu-centric, jediný fungující repozitář je od Canonicalu. Na ostatních distribucích je možné je jen instalovat a spouštět a to ještě s omezeními, např. na Fedoře s vypnutým sandboxingem. A asi to nebude tak jednoduchý oříšek k vyřešení: https://forum.snapcraft.io/t/selinux-interface-support/255/4
Zatím je podpora v oficiálních repozitářích pouze v Ubuntu, Debianu a Fedoře. U ostatních distribucí jsou to jen repozitáře třetích stran, často neudržované: https://kamikazow.wordpress.com/2017/02/09/adoption-of-flatpak-vs-snap/