No můžeš mít vedle sebe všechny tři architektury, /lib64, /lib32 a /libx32. Nekompatabilitou myslíš co? Jinak sám můžeš x86 vyhodit, jestli to nepotřebujes.
Na desktopu myslím muže vse byt jen v x32, čímž se ušetří misto na disku a bude se lepe využívat cache procesoru. Takze to pofrci rychleji. Jen par aplikaci, co potrebuji více než 4GB ram (a jadro) budou x86_64, ale to nebudeš potrebovat zdvojit všechny knihovny, jen glibc a par dalších.
K tématu x32 připravil H. Peter Anvin velice zajímavou prezentaci:
http://jdem.cz/vd292 (PPTX)
To je ten důvod, proč jsem odešel od Gentoo - trávil jsem čas nastavování všeho mozneho a neustálym kompilovanim, abych získal 1% výkonu.
IMHO je to x32 zbytečnost : malé procento výkonu, které to přinese, nestojí za komplikace, které to přinese a navíc aplikace nebudou moci používat víc jak 4GB RAM