Z důvodu bezpečnosti byly uživatelské stránky (GitHub Pages) přesunuty na svou vlastní doménu github.io. Místo adresy uživatelské_jméno.github.com jsou stránky umístěny na uživatelské_jméno.github.io. Když GitHub používal svoji .com doménu, byl kvůli „Related Domain Cookies“ zranitelný, protože někdo mohl vytvořit cookie, které by uživateli zabránilo v přístupu na GitHub. Druhým důvodem je, že GitHub nemá uživatelské stránky úplně pod kontrolou a tak nemůže zabránit klasickému phishingu, kdy útočník vytvoří stránku, kde žádá o heslo a rozesílá odkaz uživatelům GitHubu. Rozdíl v koncovce by nyní měl být prvním varovným znakem.