Ano, je to možné (ale nedá se to udělat tak, že v dalším commitu soubor smažete – to by pořád zůstal v historii). S git repository můžete dělat, co chcete – nikdo vám třeba nemůže zabránit v tom, že si uděláte zálohu, pak do repository něco commitnete a pak ho obnovíte z té zálohy.