V nastavení projektu je „Danger zone“, kde kliknete na tlačítko „Change visibility“, objeví se potvrzovací dialog, který po kliknutí na „Make private“ vypadá takhle: https://pasteboard.co/hYQcPEpLk5eb.png
Změnit viditelnost omylem moc nejde. Ale podle toho, co je popsané v odkazovaném článku, si vlastník repository spletl repository. To je sice chráněné tím, že musíte jméno repository potvrdit, ale chápu, že když jedno repository je pojmenované login/login a druhé je login/.github, může se to přehlédnout. Ale je to dost specifická situace.