Stránky přeplácane JavaScriptem a Flashem mají o dost víc problémů s použitelností - nefunguje dopředu/dozadu/reload, URL konkrétní stránky nejde poslat jako odkaz a nejde z něj udělat záložka, nefungují std. klávesové zkratky, pluginy a clipboard (Flash) atd., takže nepoužitelnost z příkazové řádky bych už asi neřešil a takovému webu se radši vyhnul, i když zrovna nepotřebuju skriptovat.
Skripta citujete pěkně, ale realita je někde trochu jinde ;-) Platí víceméně beze zbytku pouze u informačních prezentací čistě ve flashi (ano, jsou takové). U většiny webů co používá flash / JS platí něco z toho a to často proto, že to třeba v daném kontextu nedává smysl. A například v takovém javasacriptem pžřespaném GMailu tlačítka dopředu / zpět fungují zcela bez problémů.