Programů, které interně používají Native API a nejsou to systémové programy - těch je velmi až mizivě málo. A cygwin to opravdu přehání, stačilo si vylistovat co používá.
Co se týká DOSu, to je naprosto jiná parketa. Prosím abyste psal jen čemu rozumíte. Je naprosto v pořádku, když systém sám, a nebo systémový program dodávaný jako součást systému používá nedokumentované API pro vnitřní potřebu. To je ok. DOS busy flag sloužil vnitřně pro systémový příkaz DOSu zvaný print, který uměl tisknout na tiskárnu na pozadí - což byla šikovná věc pro tehdy jednotaskový DOS. Že to odkoukali i jiní lidé po reverse engeneringu programu print je jiná věc. Ostatně mě to také zajímalo a disassemblovat tehdy maličké programy co byly v DOSu je triviální. Mimochodem v dobách DOSu bylo "napichování se" na různé vnitřní a nedokumentované struktury a funkce docela běžné. Za to ovšem nemůže Microsoft.
Native API není žádným pseudostandardem - Microsoft absolutně nezaručuje, že toto API se nebude měnit. Programy jako cygwin, které "napíchnou" nedokumentované API mohou kdykoli přestat fungovat s další verzí Windows, nebo dokonce s dalším service packem.