Ta dualita atestací U2F a FIDO2 je bohužel peklo a vyřeší se asi až časem kdy U2F úplně zanikne. Pokud vás to zajímá, tak situace je ještě komplikovanější a chování Chrome se liší podle toho jestli máte nastavený PIN nebo ne. Nicméně vývojáři Google to berou jako feature a nikoliv jako bug a ani společný tlak CZ.NIC a Yubico zatím nevedl k opravě.
https://issues.chromium.org/issues/324027363