Ani ne dva týdny po vydání nové majoritní verze 3.4.0 už přichází nová verze phpMyAdmin 3.4.1. Opravuje pouze nalezené chyby, ale protože se jedná o bezpečnostní problém, je aktualizace silně doporučována.
Problém byl v možnosti vytvoření funkčního jména tabulek vedoucího ke XSS (Cross-site scripting). Problém se týká i větve 3.3.x, takže i pro tuto větev byla vydána aktualizace 3.3.10.1.
Ve verzi 3.4.0 byla objevena ještě jedna bezpečnostní chyba a to možnost přesměrování na nezabezpečenou stránku, což mohlo vést k phisingu. I toto je zde opraveno.