V OpenSSH jsou dnes k dispozici tři algoritmy: klasický RSA a dvoje eliptické křivky ECDSA a Ed25519. Druhá jmenovaná je nejnovější a řeší některé problémy předchozí varianty. Zejména závislost na dobrém generátoru náhodných čísel a problém s volbou křivky, který dramaticky mění bezpečnost algoritmu. Navíc varianta ECDSA schválená organizací NIST je dílem NSA a používají se tam podivné magické konstanty, jejichž původ nikdo nezná. Snowden před tím dost hlasitě varoval.
Ed25519 je otevřená, generuje klíče deterministicky, nepoužívá magické konstanty, nevrtala se v ní NSA a je rychlejší. Proto je obecně považována za bezpečnější a tedy preferovanou variantu.