Záležitostí OS je zajistit efektivní běh aplikací na několika procesorech zároveň a meziprocesovou komunikaci. To jsou nejtěžší úkoly na superpořítačích a clusterech. Záležitostí SW je využít prostředky OS pomocí maximálního možného paralelismu a neskončit v deadlocku. Mizerně napsaný paralelní program bude na libovolném operačním systému pomalý, ale i dobře napsaný paralelní program může nějaká drobná chybka v operačním systému superpočítače nebo clusteru dost výrazně zpomalit.