Pokud děláte PHP doporučil bych určitě jít do nějakého frameworku, ať se dostanete do MVC (např. Nette je velmi dobrá volba). Ušetří to mnoho práce a zajistí to udržitelnost projektu (přehlednost, snadná modifikace atd.). Vyřeší to za Vás i mnoho problémů včetně jednotnosti knihoven atd.
Co se týče js na serveru... poslední dobou je poměrně populární Node.js, ale s tím jsem nepracoval, ale možná vám k tomu řekne někdo jiný.