Ty pluginy byly normálně nativní kód, prohlížeč tam nedělal žádný sandboxing. To, že Java nebo Flash měly sandbox v sobě, je jenom „náhoda“. Jako plugin jste mohl mít jakýkoli nativní kód.
Ty pluginy se používaly právě pro možnost volat nativní kód, ne pro možnost psát v jiném jazyce kód volající v prohlížeči webová API (což je cíl WebAssembly).
I nové technologie, které třeba mohou mít ambice pro webové aplikace nahradit třeba React, jsou pořád buď JavaScriptové knihovny, nebo něco transpilovaného do JavaScriptu. Protože nic jiného dnes prohlížeče neumí.