Používal jsem Nemo (nainstalované v GNOME) nějakou dobu jako náhradu za Nautilus.
Nemo je skvělý souborový manažer, to jo, ale s postupen času si k sobě při aktualizacích začal tahat víc a víc závislostí z Cinnamonu a ty mi kolidovaly s věcmi z GNOME, což působilo problémy. Tak jsem se Nema zbavil, společně s dalšími balíčky z Cinnamonu, a byl konec problémů.
V té době jsem si myslel, že si na Nautilus budu obtížně zvykat, a proto jsem si vybral a nainstaloval Xfe. Další skvělý souborový manažer, není však natolik integrován do GNOME jako Nautilus, což je výhoda i nevýhoda.
Výhody: nemá mnoho závislostí, je ohromně rychlý a je udělaný a navržený postaru (dá-li se to tak říct).
Nevýhody: pro mě jako pro uživatele GNOME bohužel s prostředím nespolupracuje tak, jak bych si přál, a neumí náhledy souborů ani funkci, která je v Nautilu dostupná prostřednictvím mezerníku (což ale neumí ani Nemo, ten ale umí ty náhledy souborů).
Používám Xfe a Nautilus; když mi u Xfe chybí funkce Nautilu, jdu k Nautilu, a když mě chytne staromilská nálada nebo mě změny Nautilu začnou sr*t, jdu k Xfe.
A na nový Nautilus jsem si nakonec zvykl a vůbec to nebolelo. Stačilo ho prostě občas používat.