To si musíte vybrat: buď má instalátor odstranit všechno co v adresáři najde, nebo jen to co nainstaloval. V prvním případě dojde na problém když SW nainstalujete přímo do adresáře C:\. V druhém případě odinstalace neodstraní soubory v cestě aplikace, které založila při svém běhu, protože nebyly součástí instalace.
BTW na Linuxu při odinstalaci balíčku také neodstraňujete závislosti které byly nutné jen pro něj. A po odinstalaci také zůstává nastavení v home adresářích uživatelů, v horším případě i soubory ve /etc.