Řekl bych, že je to typické – na systemd často nadávají lidé, kteří tvrdí „vždycky se to tak dělalo“, přičemž nevědí kdo to tak dělal (který software), kdy a proč to dělal. Prostě nerozuměli starému systému, nerozumí ani novému, jenom mají pocit, že to staré bylo dobře (a ve skutečnosti nevědí, jak se to chovalo).
Referenční implementace ntpd také synchronizuje skokově, pokud je rozdíl příliš velký. A pokud je rozdíl příliš velký při startu, tak ani nenastartuje.
Pokud se vám čas rozjíždí tak, že jeho skokovou nápravu poznáte v účetní aplikaci, pátral bych nejprve po tom, proč se vám čas tolik rozjíždí. Protože smyslem protokolu NTP je na základě různých vstupů udržovat co nejpřesnější čas, ne opravovat něco, co není schopno udržet správný čas ani pár minut.