Ano, v GNOME 3.28 nejsou. Viz https://www.linuxexpres.cz/software/gnome-3-28-bez-ikon-na-plose a https://www.root.cz/zpravicky/vydano-gnome-3-28-chongqing/
Sice ikony na ploše nepoužívám, ale schválně jsem kouknul do Gnome tweak tool a možnost ikon tam pořád je a funguje to: https://i.imgur.com/ZoDtJ5C.jpg
Používám Nautilus, Nemo ani nemám nainstalované.
Mizivý zastoupení? To rozhodně ne...
Znatelný rozdíl mezi win uživatelem a linuxákem je většinou to, že win uživatel to háže pořád na plochu čido programu files, kdež to linuxák si udělá další oddíl či nedělá složky na ploše (případně udělá zástupce složky).
Výsledkem toho je, že system se nemusí zbytečně zatěžovat.
A jste si jistý, že máte Nautilus 3.28 a gnome-tweak-tool 3.28? To, že máte GNOME 3.28 ještě neznamená, že i všechny komponenty jsou na této verzi. Třeba Ubuntu 18.04 má GNOME 3.28, ale Nautilus 3.26 právě kvůli těm ikonám. V Nautilu 3.28 to těžko může fungovat, protože tam ten kód prostě není. A vrátit je zpět by byl dost netriviální patch.
Standardními mechanismy to nepůjde, protože 3.26 nebude v repozitářích F28. Osobně si myslím, že než dělat toto harakiri, je lepší použít Nemo, jako doporučuje Carlos. Opravdu to umí ikony lépe, protože tam ten kód roky nehnil, ale starali se tam o něj, protože Cinnamon ikony používá. Není to tak složité: https://gitlab.gnome.org/GNOME/nautilus/issues/158#alternative-solution
To neznamená, že člověk nemůže dál používat Nautilus jako správce souborů. Jen mu poběží Nemo, který se bude starat o ikony.