Ty .msi balíčky mají digitální podpisy. Resp. je mít můžou, a není dobrý nápad instalovat z nepodepsaných balíčků.
Instalace z repozitáře je fajn, ale problém je v tom, že v něm najdete jen to co vám autor distra připraví. A většinu věcí, které opravdu stojí za to instalovat, v repozitáři distra nenajdete. Zkuste si v něm najít Oracle 12c (ne ořezanou Express edici), Siebel, Dassault Systemes CATIA, Adobe Photoshop, nebo třeba jen české účetnictví a mzdy. V lepším případě budete hledat "trapné" balíčky pro vaší verzi vašeho distra na webu výrobce. V horším případě dojde na tarball a kompilaci, nebo daný produkt vůbec není k dispozici. Takže repozitář vašeho distra je nakonec jen sbírka freewaru. A takových se po netu válí spousta: softpedia.com, download.cnet.com, en.softonic.com a řada dalších.