On je v tom docela pěkný hokej. Je tu apt, apt2, apt-get, aptitude a dokonce i historický dselect.
A právě ta historie je důležitá. Dselect byl první interaktivní správce, velmi primitivní a svérázný na ovládání a řešení závislostí. Nicméně v jeho primitivitě byla síla, existovaly určité postupy jak si v (konzolovém) GUI projít závislosti a rozhodnout se, jakým způsobem je dodržet a nakombinovat. Dselect používal jako zdroj repozitář na disku, cd-rom nebo apt-get backend.
Následně se začaly vyvíjet nástupníci pro dselect. Vzniklo a vylepšovalo se apt, vzniklo ještě něco mezi (už si nepamatuju název) a vzniklo aptitude. Všechny tito nástupci se snaží co nejvíc zjednodušit řešení závislostí a umět "magicky" navrhovat alternativní kombinace a navrhovat odstranění nepoužívaných balíků. Apt-get zůstává nástroj v pozadí, hlavně pro použití ve scriptech. Apt2 je další takový krok vpřed.
Osobně mám rád i starý dselect, některé situace se v něm řeší nejpřehledněji. Na něco je skvělý apt a aptitude, zejména aby se dobře držela stopa automaticky doinstalovaných balíků (které lze zase naopak navrhnout na deinstalaci). Na něco zase dobře pomáhá deborphan.
Ano, je v tom pěkný čurbes, ve kterém se nově začínající linuxák nemůže dobře vyznat. Nemůže chápat, proč kdejaký script a kdejaký návod používá zrovna jiný nástroj. Je to ale jen kvůli tomu, že každý používá to, na co si navykl.
A když se instaluje backport tak v radku se dá vybrat zda se budou aktualizovat i knihovny z backportu pro balíček a nebo se použijí z distribuce.. také se dá asi kombinovat balíčky z různých verzí.. Pak ale se může předpokládám rozesrat systém závislosti a může být v systému nepořádek.
Poměrně složitá otázka. Jsou dva přístupy. Buďto z backportů vybíráte jen konkrétní balíky a řešíte závislosti ad-hoc. To se hodí, když potřebujete jen jeden konkrétní balík ve vyšší verzi. Trochu složitější je pak udržovat i závislosti v aktuálních verzích (protože i v backports jsou další fixy a ty musíte hlídat).
Druhý přístup je přes apt-cache policy, kde nadefinujete priority repozitářů. Podle priorit se udržují verze z nejprioritnějších dostupných zdrojů. Pomocí policy můžete nastavit prioritu i na konkrétní balíky - to je pak kompromis mezi prvním a druhým přístupem.
Vše popsat by bylo určitě na středně tlustou knihu, a ani ta Vám nedá odpověď na to hlavní: rozhodnout se sám, co vlastně požadujete. A to zase nemůžete dobře vydefinovat, dokud nemáte ty zkušenosti. Doporučuji, jdetě krůček po krůčku, prvotní otázky jste si stanovil správně.