Je možné, že zbytek systému používá PulseAudio, které "nepustí" ostatní ke zvukovce. Zkuste ho (jen pro informaci) zabít, jestli pak zvuk ve flashi nepůjde (možná bude potřebovat restartovat prohlížeč).
Jako alternativu flashe od Adobe - i když ne plnohodnotnou - lze považovat Gnash plugin. Jde to v něm?