Propracovaný evidenční systém na přístupy pomocí SSH provozuje třeba Facebook, ale řeší si to přes SSH certifikační autoritu a vystavuje krátkodobé klíče.
Doporučuji čtení knihy SSH Mastery Michaela W Lucase. Dává slušné postřehy, jak SSH používat v celé řadě situací.
Na OTP zkuste FreeOTP+. Není to na úplně všechno, protože různé banky a spořitelny mají názor, že ví všechno nejlíp, ale na spoustu věcí to stačí.